無料レンタルサーバーとの違い、最大の違いは広告が表示されない所にあります。
無料サーバーでは、基本的に無料の対価として作成したサイトに強制的に広告が表示されます。

しかし、有料のレンタルサーバーではどんなに低価格プランでも広告は一切表示されません！
広告が表示されなければ当然見栄えがよくなりますし、アクセスユーザーが広告に流れてしまう事を防ぎます。

また、無料サービスだと規約違反による突然のアカウント停止が発生したり、突然のサービス終了によりサイトを閉鎖しなければならない事態も考えられます。
安定したサイト運営には無料サービスではなく、有料のレンタルサーバーをお勧めいたします。